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扩增子/功能基因测序




借助合适的类群特异性引物,可以检测菌群中特定种类/功能微生物的特征序列,反映菌群中该特定类群微生物的组成结构,从而发现它们的分布特征,阐明样本间多样性和组成差异,进而揭示该类群微生物中与差异相关联的关键成员。


产品特点

根据扩增片段长度,可以灵活选择二代/三代测序平台,实现对特定微生物类群的测序研究。

 

碳代谢、氮代谢和硫代谢循环图*

*Singer, E., Bushnell, B., Coleman-Derr, D., Bowman, B., Bowers, R.M., Levy, A., Gies, E.A., Cheng, J.-F., Copeland, A., Klenk, H.-P., et al. (2016). High-resolution phylogenetic microbial community profiling. ISME J 10, 2020-2032.


类群特异性引物示例

根据扩增片段长度,可以灵活选择二代/三代测序平台,实现对特定微生物类群的测序研究。

功能类群

基因缩写

基因名称

扩增片段大小

测序平台

碳循环

xyn

木聚糖降解酶基因

1149 bp

PacBio

pduP

丙醛脱氢酶基因

1088 bp

PacBio

氮循环

nifH

固氮酶铁蛋白基因

450 bp

Illumina

nosZ

一氧化二氮还原酶基因(反硝化作用)

252 bp

Illumina

nirS

亚硝酸盐还原酶基因(反硝化作用)

425 bp

Illumina

nirK

亚硝酸盐还原酶基因(反硝化作用)

326 bp

Illumina

硫循环

dsrAB

亚硫酸盐还原酶基因

1900 bp

PacBio


典型合作案例解读

土壤中碱性磷酸酶功能菌的组成受长期施肥方式的影响

发表期刊:Biology and Fertility of Soils

更新影响因子:3.069

发表时间:2017年

扩增片段长度:371 bp

测序平台:Illumina MiSeq

研究内容:

碱性磷酸酶(Alkaline phosphatase,ALP)主要由土壤微生物代谢产生,对于土壤磷代谢具有重要意义。本文通过高通量测序技术,研究了施肥方式对于土壤中携带ALP基因(phoD)的功能微生物类群的长期影响(超过35年)。

不同处理组的ALP功能菌群的多样性差异

ALP功能菌群的物种组成及其系统发育树图谱


RDA分析揭示各影响因素对ALP功能菌群的影响力强弱


实时荧光定量PCR验证phoD基因的含量


微生物菌种鉴定分析微生物组分析微生物检测分析 动植物基因组分析转录调控

   真菌全基因组重测序

   细菌全基因重测序

   微生物新种鉴定分析

   微生物菌种多相鉴定分析

   酵母菌快速鉴定分析

   微生物序列分析

   菌群多样性组成谱全长测序

   菌群多样性组成谱测序

   宏基因组测序分析

   宏转录组测序分析

   标记基因全长测序

   扩增子/功能基因测序

   第三代高通量测序平台

   饲料检测与安全评价

   真菌基因组de novo测序

   细菌全基因组完成图测序

   真菌近完成图测序

   环境中活菌群分析

   产品微生物解析

   产品污染菌分析

   动植物基因组全长三代测序

   动植物基因组de novo测序

   SSR分子标记开发

   全基因组关联分析

   群体进化关系

   遗传图谱构建

   BSA性状定位

   全长转录组测序

   全转录组测序

   转录组测序

   Small RNA测序

   SSR/STR/微卫星DNA技术

   扩增片段长度多态性(AFLP)


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