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真菌全基因组重测序




真菌全基因组重测序(Fungi Whole Genome Re-sequencing),是指对有参考基因组的真菌个体或群体进行高通量测序(待测菌株与参考基因组的序列相似性 ≥ 98%),将测序数据比对至参考基因组上,获得真菌个体或群体相对于参考基因组的 SNPInDelCNV SV 等一系列变异信息。

产品参数



产 品

文库插入片段大小(bp)

测序平台及测序模式

测序深度

交付指标

项目周期

重测序A

300 ~ 500

Illumina MiSeq,PE251

~100 ×

数据量

35 个自然日

重测序B

300 ~ 500

Illumina HiSeq,PE150

~100 ×

数据量

40 个自然日


技术线路

真菌基因组重测序技术路线.jpg

信息分析内容


序 号

分析项目

类 别

分 析

备 注

1

原始数据整理统计

A



2

数据质控

A



3

高质量数据获取

A



4

参考基因组整理

A



5

序列比对分析

A



6

序列比对结果统计

A



7

SNP检测及注释

A



8

INDEL检测及注释

A



9

CNV分析

A



10

SV分析

A



11 非同义SNP及InDel的可视化B

12 基于群体SNP的进化树重构B
样 品 ≥ 3
13 基于群体SNP的PCA分析B
样 品 ≥ 3
14 基因组序列拼接B
样 品 ≥ 3
15 基因组拼装效果评价B
样 品 ≥ 3
16 全基因序列比对B
样 品 ≥ 3
17 外源插入片段检测B
提供参考基因组

A:标准信息分析内容B:高级信息分析内容。




分析结果展示



真菌基因组重测序结果展示.jpg

 

微生物菌种鉴定分析微生物组分析微生物检测分析 动植物基因组分析转录调控

   真菌全基因组重测序

   细菌全基因重测序

   微生物新种鉴定分析

   微生物菌种多相鉴定分析

   酵母菌快速鉴定分析

   微生物序列分析

   菌群多样性组成谱全长测序

   菌群多样性组成谱测序

   宏基因组测序分析

   宏转录组测序分析

   标记基因全长测序

   扩增子/功能基因测序

   第三代高通量测序平台

   饲料检测与安全评价

   真菌基因组de novo测序

   细菌全基因组完成图测序

   真菌近完成图测序

   环境中活菌群分析

   产品微生物解析

   产品污染菌分析

   动植物基因组全长三代测序

   动植物基因组de novo测序

   SSR分子标记开发

   全基因组关联分析

   群体进化关系

   遗传图谱构建

   BSA性状定位

   全长转录组测序

   全转录组测序

   转录组测序

   Small RNA测序

   SSR/STR/微卫星DNA技术

   扩增片段长度多态性(AFLP)


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