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SSR/STR/微卫星DNA技术




简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR) /STR/微卫星DNA技术服务

STR/SSR/微卫星分析
背景介绍:
微卫星标记(Microsatellite)也称为短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增,扩增产物通过电泳分析并根据大小分离等位基因进行检测。PCR扩增后的等位微卫星主要采用两种方法进行检测:一、采用聚丙烯酰胺电泳(PAGE)银染的方法,这一方法对小样本量实验,可以节省实验成本。二、用ABI测序仪对荧光标记片段进行检测,加上分子量内标可以对DNA片段长度进行计算,使STR/SSR分型高效快捷。北京美亿美生物技术有限公司采用高通量样品工作平台,具备完善的实验管理和质量监控体系,确保大型STR分型项目的顺利进行。

服务项目:
1.SSR位点搜索和SSR引物设计
利用SSRhunter和Primer5软件设计SSR引物。
2引物筛选
选取部分代表性样本,利用普通引物扩增这些样本,然后利用高分辨率的PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息。
3;样本批量扩增
根据客户要求,可以选择扩增方式:(1)用普通引物进行批量扩增;(2)用带有荧光标记(FAM/HEX/TMR等)的引物对批量样本进行PCR扩增。

4; 电泳检测
根据引物扩增的情况进行聚丙烯酰胺凝胶电泳或者测序仪进行毛细管电泳检测
一、聚丙烯酰胺凝胶电泳;
对PCR产物进行变性处理,上样,电泳,染色。
二、带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标、去离子甲酰胺混合,用3730等测序仪进行毛细管电泳,得到条带大小的数据。
;数据挖掘 利用生物信息学软件(POPGENE、NTsys等)对上述数据进行进一步分析,分析多态性等。给出所研究的各群体的多态位点百分比、有效等位基因数、Nei 基因多样性指数、Shannon 基因多样性指数、遗传分化系数、Nei 基因遗传距离和遗传一致度等。

服务流程:



6 检测平台:
PAGE电泳设备、ABI 3730测序仪。
客户需知:
1、样品提供:客户可以提供生物组织、血液或提取好的基因组DNA进行检测。组织样品50-100mg,血液样品1-2ml,基因组DNA样品大于10ug。组织和血液必须保证样品新鲜无降解。基因组DNA样
品需保证样品DNA完整无降解,OD260/280在1.7至2.0之间。
2、更好提供3-4个备选STR位点。在实验中很可能出现某些STR位点检测困难的情况,这时可以挑选备选STR位点进行检测。
3、STR检测中常出现截断PCR的现象,在检测结果中体现为出现比正常长度产物短2-4个碱基的峰。这是正常现象,不影响对结果的判读和分析。
;我公司为客户提供产品及数据资料包括:
代表基因型电泳截图
分型结果表
实验报告单


STR引物开发技术服务
SSR标记是一种基于DNA长度多态性的分子标记技术。它具有共显性、高度可重复性、是研究群体遗传学、进行分子标记辅助育种、系谱分析和法医鉴定的理想工具。只因为SSR标记具有种族特异性,必须采用特异引物进行PCR检测,故而存在一个引物开发的问题。磁珠富集法开发未知基因组序列物种的引物,通过PAGE验证,可以清晰的分析出多态引物,用于后边的批量试验。
1)SSR-开发技术路线
前期确认阶段:试验样本类型,数量,签订试验合作合同;
试验阶段:(30个工作日)包括选取4-6个样本进行多态性验证;
试验结果:通过磁珠富集微卫星序列,开发出30—40对具有一定重复特征的微卫星引物,并且对引物进行多态性和特异性验证(10对以上)。
2) 试验案例:我们已经开发过多个树种,昆虫,花卉,藻类植物,大型真菌等。例如松树、槭树、桑树、毛竹、兰花、萤火虫、月季、食用真菌、鱼,虾等。

3)客户须知:
本公司需要签订技术服务合作合同;
本公司再试验结束后,如没要求,试验样本将统一销毁;
本公司不接受具有致病性和潜在危险的原始样本,此类样本请您提供样本DNA。
















 

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   细菌全基因重测序

   微生物新种鉴定分析

   微生物菌种多相鉴定分析

   酵母菌快速鉴定分析

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   菌群多样性组成谱测序

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