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宏转录组测序分析




宏转录组测序研究


宏转录组学(Metatranscriptomics)的研究对象是微生物组mRNA,在获取微生物组总RNA并去除rRNA之后,反转录为cDNA,并构建合适长度的插入片段文库,对这些文库进行双端(Paired-end,PE)高通量测序,从而能精确定量整个菌群中具有活性的物种精细组成及其对应功能的表达水平,进而锁定菌群中的关键生物标记物、阐明其生物学意义。

产品特点

1. 业界公认的总RNA提取方法和rRNA去除技术,专业、高校、稳定;

2. 使用Illumina HiSeq系列超高通量测序平台,周期更短,每个样本都能一次性获得至少10 Gb的测序数据量,真正实现对活性物种和表达功能的精确定量;

3. 多种功能注释数据库可选,根据研究需求选择KEGG/EggNOG/CAZy/NR/Swiss-Prot/GO/VFDB/CARD等数据库,更优化宏转录组的活性功能代谢谱注释;

4. 通过微生物基因信息精确识别物种来源,获取种以及种以下水平的“高分辨率”活性物种精细组成谱;

5. 通过多种多变量统计分析和机器学习方法,系统、深入地挖掘宏转录组大数据中差异相关的活性物种和对应功能,从而精确识别关键的活性生物标记物。

实验流程

微生物组总RNA提取→核糖体RNA去除→mRNA片段化→反转录cDNA→cDNA文库构建并定量→上机进行高通量测序

分析流程

典型分析结果展示

KEGG代谢通路差异分析图

Unigene表达量差异分析MA图

Unigene表达量差异分析火山图

值得一试的深度分析内容

分析项目

分析要求

分泌蛋白预测分析

 

III型分泌系统效应蛋白预测分析

 

MOCAT2宏转录组分析流程

 


微生物菌种鉴定分析微生物组分析微生物检测分析 动植物基因组分析转录调控

   真菌全基因组重测序

   细菌全基因重测序

   微生物新种鉴定分析

   微生物菌种多相鉴定分析

   酵母菌快速鉴定分析

   微生物序列分析

   菌群多样性组成谱全长测序

   菌群多样性组成谱测序

   宏基因组测序分析

   宏转录组测序分析

   标记基因全长测序

   扩增子/功能基因测序

   第三代高通量测序平台

   饲料检测与安全评价

   真菌基因组de novo测序

   细菌全基因组完成图测序

   真菌近完成图测序

   环境中活菌群分析

   产品微生物解析

   产品污染菌分析

   动植物基因组全长三代测序

   动植物基因组de novo测序

   SSR分子标记开发

   全基因组关联分析

   群体进化关系

   遗传图谱构建

   BSA性状定位

   全长转录组测序

   全转录组测序

   转录组测序

   Small RNA测序

   SSR/STR/微卫星DNA技术

   扩增片段长度多态性(AFLP)


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